如果清洗周期过短，说明预处理系统出现了问题，经过处理后的水质不达标，才会导致膜元件短时间就污堵了。正常来说，反渗透膜需要三到十二个月清洗一次，清洗的方法有化学方法和物理方法两种。
化学方法有以下几种：
1、酶洗涤剂
酶洗涤剂对纯水设备反渗透膜上的有机污染特别有效，特别是对蛋白质和油等有机物质。
2、柠檬酸溶液+氨
被氧化物污染时，可以使用2%柠檬酸溶液+氨水调pH值4，温度40℃的情况下对膜元件清洗。
3、三聚磷酸钠溶液+EDTA四钠
可将pH值调至10，2%三聚磷酸钠溶液，0.8%EDTA四钠（严重时更换为0.25%的Na-DDBS)，温度40℃。适合细菌，硫酸钙污染，有机物沉淀，各种胶体（铁、有机物及硅胶体）等污染。
4、20%的H2SO4，主要用于硅垢结晶造成的污染。
5、0.2%NaClO+0.1%NaOH溶液，适用于机物及微生物污染；
6、1%甲醛溶液，适用于细菌污染的超滤。
7、HNO3的0.5%水溶液，适用于电泳漆处理过程中磷酸铅对膜组件造成的污堵（此清洗必须在其他常规化学清洗之后进行。）。
8、20%的Na2CO3、7%的Na3PO4、3%的NaOH、0.5%的EDTA，主要用于胶体污染物造成的膜污染。
9、 9%的十二烷基苯磺酸钠、9%的表面活性剂、0.4%的NaOH、0.15的无水碳酸钠、11%的磷酸钠、10%的硅酸钠，主要用于清洗含油废水所造成的膜污染。清洗时需注意pH的控制，有些纯水设备的反渗透膜不适用于高pH清洗液的清洗，要慎重选择。
10、1%-2%柠檬酸溶液或0.4%HCl溶液，适用于铁污染及碳酸盐结晶污堵。
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